BSE（牛海綿状脳症）とは、牛の脳内に異常なプリオンたんぱく質が蓄積することで発症する病気です。
BSEを発症した牛には、起立不能や歩行の異常などの症状が現れます。

国内では、平成13年から平成21年までに、合計36頭の牛がBSEと診断されました。牛を原料とした肉骨粉を家畜の飼料に利用したことが原因と考えられ、平成13年に肉骨粉の飼料への利用が禁止されました。こうした対策により、現在のところ平成14年1月生まれの牛を最後に、国内で生まれた牛でのBSE発生は報告されていません。

平成13年の1頭目のBSE感染牛の確認以後、BSE感染牛が市場に出回らないように徹底した検査がと畜場で実施されてきました。また新たなBSE感染牛を発生させないように、牛の餌に対する徹底した管理も行われてきました。
こうした対策により、平成25年には国際獣疫事務局（OIE）総会において、日本は「無視できるリスクの国」と認定されました。また、現在は食品安全委員会での評価等を元に、安全を確保する上で廃止しても問題ないとされた対策については見直しが行われています。

全ての牛に対して、BSEを疑う症状がないか生体検査で確認しています。また検査対象牛に対しては、BSEを疑う症状を示していなくともスクリーニング検査を実施しています。
なお越谷市では、BSEのスクリーニング検査を埼玉県食肉衛生検査センターに委託しています。

スクリーニング検査とは、BSEの疑いがある牛をふるいにかける検査です。牛の延髄を材料にして、異常なプリオンたんぱく質が試薬と反応するか確認します。
スクリーニング検査で陽性となった場合、国から指定された検査機関が、より精度の高い確認検査を行います。
なお、検査される牛の肉などは、陰性とわかるまでと畜場に保管されます。

国が指定する検査機関により、免疫生化学的検査、免疫組織化学検査及び組織学検査が実施されます。この検査でも陽性となった場合は、専門家による会議により確定診断を行います。
BSE陽性と診断された場合、その牛の肉や内臓等は全て焼却され、と畜場の施設や器具についても徹底した消毒や洗浄が実施されます。

異常なプリオンたんぱく質がたまりやすい部位を、特定部位と呼んでいます。
特定部位は、処理する際に取り除いて焼却するので、食品となることはありません。
と畜場では、特定部位がきちんと取り除かれているか、と畜検査員が一頭ずつ確認します。

【全ての牛】：扁桃、回腸遠位部
【30か月齢を超える牛】：頭部（舌、頬肉、皮は除く）、脊髄、脊柱