平成29年度税制改正で、特定上場株式等の配当所得や上場株式等の譲渡（源泉徴収がある特定口座）に係る所得については、平成29年4月1日から所得税と市民税・県民税とで異なる課税方式を選択できることが明確化されました。

具体的には、特定上場株式等の配当所得等を含めた所得税の確定申告書が提出されている場合であっても、その後に市民税・県民税の申告で記載された事項を基に課税できること等を明確化するための改正がされたものです。あくまでも自己責任の下、「申告不要制度適用・総合課税・申告分離課税」を選択してください。

株主や出資者が法人から受け取る配当等に係る所得は、配当所得としてほかの所得（給与所得や不動産所得など）とあわせて総合課税として課税されますが、上場株式等（発行株式総数の3％以上保有の大口保有上場株式を除く）に係る配当所得等については、特例として、配当が支払われる際に「県民税配当割」の特別徴収により課税関係が終了するため、申告する必要はありません。

また、個人が株式等を譲渡した場合の譲渡所得等は、ほかの所得と分離して課税されますが、源泉徴収ありを選択した特定口座内の上場株式等に係る譲渡所得等に対しては、「県民税株式等譲渡所得割」の特別徴収により課税関係が終了するため、申告する必要はありません。

申告不要制度に該当する場合は、本来確定申告をする必要はありませんが、各種所得控除、税額控除等（配当控除、配当割額控除、株式等譲渡所得割額控除）の適用を受けるために総合課税（配当所得のみ）または、損益通算や繰越控除の適用を受けるため、申告分離課税を選択して税務署に確定申告することもできます。

申告した場合、特別徴収された県民税配当割・県民税株式等譲渡所得割については、市民税・県民税所得割額から税額控除し、控除しきれない額は市民税・県民税均等割額に充当します。さらに控除しきれない額は還付となります。申告する際は、特別徴収された「県民税配当割・県民税株式等譲渡所得割」を所得税確定申告書第二表の「住民税に関する事項欄」の「配当割額控除額」欄または「株式等譲渡所得割額控除額」欄に記載してください。

令和3年分の確定申告書第二表の住民税に関する事項に「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」欄が設けられました。特別徴収された特定配当等や特定株式等譲渡所得のすべてを市民税・県民税において申告不要とする場合、確定申告書の「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」欄に〇をすることで市民税・県民税の申告（付表）は不要となります。
但し、市民税・県民税において、確定申告における所得の全部または一部の所得を所得税と異なる所得として申告する場合は、市民税・県民税の申告書（付表）の提出が必要となります。

※申告することを選択した場合、その所得は合計所得金額や総所得金額等に算入されます。これにより、扶養控除の判定、国民健康保険税、介護保険料、後期高齢者医療保険料、医療費の負担割合、各種手当・給付判定などに影響が出る場合があります。

※令和５年分以降の確定申告書については、「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」欄が削除されました。

令和6年度（令和５年分）上場株式等に係る配当所得等の課税方式の選択の廃止について

税制改正により、令和6年度（令和5年分）申告から「特定配当等に係る所得及び特定株式等の譲渡所得について、所得税と市民税・県民税の課税方式を一致させる」こととなり、異なる課税方式を選択することができなくなりました。

よって、令和5年分以降の確定申告で申告した特定配当等に係る所得及び特定株式等の譲渡所得については、市民税・県民税においても申告することとなり、合計所得金額にも算入されますので、ご申告の際はご注意ください。

令和５年度（令和４年分）以前の市民税・県民税において、所得税と異なる課税方式を選択する場合には、各年度の市民税・県民税納税通知書（特別徴収税額決定通知書を含む）が送達される時までに市民税・県民税申告書及び市民税・県民税申告書付表を提出する必要があります。申告に必要なものについては「市民税・県民税申告書付表」をご覧ください。市民税・県民税納税通知書送達後（特別徴収税額決定通知書を含む）に初めて「上場株式等に係る配当所得等および譲渡所得等」に関する申告書が提出された場合は、「上場株式等に係る配当所得等および譲渡所得等」を市民税・県民税の税額算定に算入できません。